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Tras la muerte de Gwen Stacy, aparece en la ciudad un nuevo villano enmascarado que se hace llamar El Chacal y “aparentemente”, Gwen vuelve de entre los muertos.

Resultó que El chacal era la identidad secreta del profesor de biología de Peter y Gwen, Miles Warren, quien no podía gacer frente a la pérdida de su amor secreto: Gwen Stacy. Como un experto en clonación, crea clones de ambos, de Gwen y Peter, y se convierte en el Chacal. Éste culpa a Spiderman de la muerte de Gwen y decide matarlo. El Chacal se enzarza en una batalla contra Spiderman pero le deja luchar contra su propio clon. Ambos creen que son el auténtico Peter Parker. Al final, Peter acaba derrotando a su propio clon. Ésto se sabe porque el auténtico Peter Parker

estaba desarrollando sentimientos hacia Mary Jane, algo que el Chaca había pasadoindvertido cuando creó el clon. El clon de Gwen Stacy desaparece para hacer su propia vida.

Años después, Spiderman se encuentra con un hombre que dice llamarse Carrion y dice ser un clon en degeneración del propio Miles Warren. El clon de Gwen Stacy aparece de nuevo cuando es perseguida por el Alto Evolucionador, un hmbre que en el pasado había intentado evolcuionar a toda la humanida a un nuevo estado pero los Vengadores lo detuvieron. Él estaba intentado descubrir como Miles Warren había conseguido crear un clon perfecto. En el proceso descubrió que no lo había hecho, en su lugar había creado un virus que se transformaba en seres vivientes. El clon de Gwen fue curado del virus y una vez más fue dejado para que continuara su vida.

Más tarde, Spiderman investigó el antiguo laboratorio de Miles Warren y descubrió que Carrion había sido infectado por un arma genética creado por el propio Warren. Otro antiguo estudiante de Warren, Malcolm McBride, se infecta con el virus y se convierte en el neuvo Carrion

Todos estos hechos, desembocarán en la Segunda Saga del Clon.

Muchos años pasaron asta que el clon de Spiderman reapareció. Éste había sobrevivido a la batalla con Spiderman y había pasado los últimos años bajo la identida de Ben Reilly. Un nombre combinado, tomando el nombre del tío de Peter Parker y el apellido de soltera de la Tía May. Como superhéroe tomó la identidad de la Araña Escarlata.

Una serie de contecimientos se sucedieron y ambos, Peter Parker y Ben Reilly, son molestados por un resucitado Chacal y por Kaine, quien parece ser un desfectuoso primer clon de Peter. En el proceso, otro clon de Peter se convierte en el villano Aracnicida, que tiene todos los poderes de Spiderman así como un cuerpo maleable como el de Mr. Fantástico que le permite crear armas de su propio cuerpo. Todo esto resulta todavía más confuso cuando aparece casualmente Judas Traveller, un mutante con poderes latentes de alterar la realidad.

Un examen médico reveló que Peter era el clon y que Ben Reilly era el original. Llevado por la confusión, Peter se retira temporalmente como Spiderman y le deja ese papel a Ben.

En el clímax de la historia se descubre que Norman Osborn, alias el Duende Verde, había estado vivo durante todo este tiempo y Peter y Ben habían estado manipulados por él para hacer que él uno creyera ser el otro y confesó que Peter era el original. Todo esto fue confirmado cuando Ben murió a manos del Duende Verde salvando la vida de Peter y su cuerpo se degeneró como el del resto de los clones.

Su muerte afectó mucho a Peter, ya que había considerado a Ben como el hermano que nunca había tenido.