Legión, el hijo del profesor Xavier y un mutante realmente poderoso, junto con su madre Gabrielle Haller viajan atrás en el tiempo con la intención de asesinar a Magneto, ex mejor amigo de Xavier y su actual rival. Pensaba que si lo mataba, terminaría con la desigualdad entre humanos y mutantes y el Sueño de Xavier sería posible. Cuando Legión está a punto de acabar con la vida de Magneto, Xavier se sitúa entre ambos y Legión dispara su rayo psiónico matando a Xavier en vez de a Magneto. La muerte de Xavier provocó varios acontecimientos, el más inmediato, fue que Charles Xavier nunca estuviera con Gabrielle y por tanto Legión ni siquiera fue engendrado.

El presente tal y como los conocemos desapareció, ya que Xavier nunca formaría los X-men y Jean Grey no viajaría al espacio ni se convirtió en Fénix. La mayor consecuencia fue que a causa de la muerte de su mejor amigo, Magneto empezó a creer en el Sueño de una pacífica coexistencia de humanos y mutantes. Apocalipsis, un mutante inmortal que ha vivido durante siglos, se alzó sobre norteamérica y al no haber X-men que le detuvieran se hizo con el control de los Estados Unidos. Allí Apocalipsis aplicó su filosofía de “Supervivencia del más Fuerte” a una escala colosal. Empezó su programa para purgar la genética humana de todos los que él consideraba demasiado débiles para vivir. Gracias a repetidas redadas intentó borrar del mapa a la raza humana. Nueva York se convirtió en la Isla del Apocalipsis y la Estatua de la Libertad fue sustituida por otra del dictador. Los pocos humanos supervivientes residen en África y en Europa y cuentan con unos pocos Centinelas para su defensa.

En esta realidad, fue Magneto quien fundó los X-men, pero lo hizo tras la subida al poder de Apocalipsis como una fuerza de choque. Éstos incluían a Jean Grey, Arma-X (Lobezno), Coloso, Tormenta, El Hombre de Hielo, Rondador Nocturno y Pícara entre otros. Al no convertirse en villano, Magda no abandona a Magneto y Mercurio y la Bruja Escarlata crecen como sus hijos.

La vida de muchos otros mutantes se vería afectada ya que Xavier nunca reclutaría a Cíclope y a su hermano Kaos en los X-men y sería Mr. Siniestro, servidor de Apocalipsis, quien los adoptaría. Henry McCoy, alias la Bestia, se convirtió en un sádico científico haciendo dolorosos experimentos genéticos a mutantes como por ejemplo al Hombre Múltiple, al que obligaría a sacar sus duplos y formar con ellos un ejército leal a Apocalipsis y pasaría a llamarse la Bestia Oscura. Los hermanos Guthrie acabarían convertidos en servidores de Apocalipsis. Mística nunca sería una terrorista y usaría sus poderes para sacar a humanos de norteamérica y trasladarlos a una base secreta en la Antártida dirigida por Destino. Pyro sería modificado por la Bestia Oscura para que pudiera crear fuego y no sólo controlarlo, como consecuencia cada vez que usa sus poderes sufre horribles quemaduras. Pícara nunca absorbería los poderes de Miss Marvel sino los poderes magnéticos de Polaris y acabaría casada con Magneto y tienendo un hijo con él al que llamaron Charles en honor a su viejo amigo…Y así muchos otros…

Apocalipsis también tenía sus cuatro jinetes que estaban formados por Abismo, Holocausto, Mikhail Rasputín y Mr. Siniestro. Pero éste último conspiraba contra su Señor y con un espermatozoide de Scott Summers y un óvulo de Jean Grey, creó a Nate Grey pero escapó de los laboratorios y acabó uniéndose a un grupo de rebeldes de los que formaban parte Forja, Sauron y Sapo entre otros.

#1. Como un padre…

Al norte de Canadá, una figura cubierta mata a tres de los espantosos mutados de Apocalipsis con sus garras de adamantium. Magneto, Director en Funciones de los Asuntos Mutantes, declara su responsabilidad por cazar cualquiera de los mutantes sobrevivientes quienes se habían aliado con Apocalipsis; él muestra en una conferencia de prensa un video en vivo de la incursión de su equipo a los Hellions. Magneto también envía un X-23 para rastrear a Arma-X y traerlo de vuelta a su equipo.

#2. Surgiendo por aire

Magneto y sus X-Men descienden a las alcantarillas para emancipar a los Morlocks, pero ellos se resisten violentamente. Feral destripa a Xorn (cuya contraparte en la E. de A. es mujer), y Magneto ordena a Tormenta acabar con la pelea. Sus relámpagos golpean a Magneto también, pero Sanguijuela agota sus poderes, y Annalee le quita el casco a Magneto y le muestra su más grande temor: Mr. Siniestro sosteniendo un flameante símbolo de Fénix. Tormenta deja inconsciente a Sanguijuela, y Samurai Plateado llama a Rondador Nocturno para que se lleve a Magneto y a Xorn de vuelta a la mansión. X-23 le relata su historia a Arma X, contándole que ella podría ser su hija, y una desconocida figura llama a un difuso resplandor dentro de un tanque de mantenimiento “Mi ángel”. X-23 sigue pidiéndole a Arma X que se una a Magneto de nuevo y se lo lleva a cazar a Estrella del Norte y a Aurora, dos de las Fuerzas Mutantes de Elite de Apocalipsis.

#3. Reapariciones

Los X-Men entablan una batalla en un campo de fútbol, y el nombre real de X-23, Kirika, es revelado. Cerebro detecta la firma mutante de la familia Guthrie en Washington, D.C. Bala de Cañón y Amazona están allá con su hermano menor Ícaro (recientemente descubierto como un mutante en el universo principal). Mientras el equipo en el campo de batalla (Tormenta, Samurai Plateado, Dazzler, Rondador Nocturno, Arma X y Kirika) luchan contra los Guthries, Xorn ataca a Pícara en el Cuarto Monitor. Los Guthries dejan la batalla para ayudar a la herida Amazona, entonces los X-Men regresan a la Mansión, la cual ha sido destruida, hecha pedazos. Encuentran a Paige “Vaina” Guthrie, la cual pensaban que estaba muerta, sosteniendo al pequeño Charles en sus brazos como rehén, culpándolos por haberla dejado morir en el Centro Portland.

#4. Defraudación

Paige cuenta a los X-Men cómo fue dejada morir en el Centro Portland con el resto de Generación-X, hasta que los Guthries la encuentran. Los X-Men se retrasan, sabiendo que la vida de Charles está en peligro, mientras Mariposa Mental se deja caer desde arriba para empujar a Charles y dejarlo a salvo. Ya que los X-men se lanzaron a la batalla, el techo se rompe y cae, Fuego Solar con un iracundo Magneto llegan. Como Amazona creció para atacarlo Fuego Solar la fríe. Ícaro y Bala de Cañón intentan huir, pero Magneto los rodea enrollándolos en una esfera de metal y los estrella en un bloque del porte de un gran tronco. Pícara no deja que Mercurio asesine a Vaina, diciéndole que se pudrirá en una celda por el resto de su vida. Paige envaina su piel, dejando expuesta una piedra con espinas, pero Kirika la apuñala. Entre estertores, Vaina le dice a Magneto que Mr. Siniestro quiere que su “pacto” sea respetado. Magneto admite que él no había detenido las bombas; Jean Grey lo hizo, y que ella estaba aún viva en las garras de Mr. Siniestro.

#5. Siniestro

Arma X fuerza a Magneto a aclarar lo que dijo; él dice que el vio el emblema flameante del Fénix en el destello de luz cuando las bombas dejaron de estallar, y decidió aceptar que el mundo lo había visto a él como su salvador. Sin embargo, Mr. Siniestro vino a él y Magneto se dio cuenta que Siniestro sabía la verdad también. Siniestro sacó el cuerpo de Jean de la tumba en que Magneto la había enterrado, pero le dijo que lo dejara en paz, sino la verdad saldría a la luz: que el hombre que el mundo veía como su salvador, en realidad no había hecho nada. Arma X huele el cuerpo de Vaina y deduce que Siniestro está en Nueva York. También destruye el casco de Magneto diciéndole que él tiene que dejar de esconderse detrás de su máscara si quería que la gente confiara en él. Siniestro se había establecido en uno de sus antiguos laboratorios, pero cuando los X-Men investigaron, Capa los teletransporta fuera, donde Siniestro y sus “Seis Siniestros” los esperaban. Siniestro declara que sus planes no son acerca de genética y genocidio, y le cuenta a Arma X que Jean Grey está viva y bien, entonces la presenta como un miembro de sus Seis Siniestros (cinco de los Seis Siniestros aparecen sobre el panel: Capa, Dagger, Sónica, Sauron y Fénix).

#6. Crisálida

Los X-Men enfrentan a los Seis Siniestros, y Magneto ordena saber porqué Siniestro hizo lo que hizo. Siniestro responde contándole que él buscó al Mutante Alfa, cuyo código genético dio nacimiento a todos los mutantes, y él cree que Jean Grey tiene los poderes del Mutante Alfa. Él le ordena a los Seis que destruyan a los X-Men. El último de los Seis aparece en escena; un mutante que aparentemente combina los poderes sísmicos de Rictor y la invulnerabilidad de la Mole. Samurai noquea a Sónica, Capa se traga a Rondador Nocturno, Dazzler y a Gambito dentro de su dimensión oscura. Mariposa Mental lucha contra Dagger hasta que magneto deja caer una pila de escombros sobre ella,  y Tormenta fuerza a Capa que suelte a Dazzler y Rondador Nocturno. Mercurio salva a Magneto de Sauron al costo de su propia vida. Magneto saca la espada de Samurai y asesina a Sauron. Fuego Solar y Fénix batallan con sus propias llamas mutantes, y Arma X intenta alcanzar a Jean. Cuando ella se debilita, Rondador teletransporta a Mariposa Mental detrás de ella, y la apuñala en la cabeza con su cuchillo psíquico. Magneto le ordena a Arma X y a Kirika acabar con Siniestro. Rondador Nocturno fue incapaz de salvar a Gambito de la oscuridad de Capa, y Jean admite ser responsable de organizar a los Seis Siniestros. Kirika le pide a Mariposa Mental que use su cuchillo psíquico en ella, y que desbloquee sus memorias; ella es la actual hija de Arma X y Mariko Yashida. Magneto se da vuelta, admitiendo que él mintió acerca de salvar al mundo. Jean le habla en prisión acerca de cuán duro ellos trabajaron para salvarse a la vista humana. Kirika y el Samurai Plateado dejan los X-Men, quienes continuarán para seguir el sueño.

Fugados de la línea Temporal:

Después del arco de la historia de la Era de Apocalipsis, Bishop viaja de vuelta en el tiempo para prevenir que la línea temporal jamás ocurriera. Esto acontece simultáneamente con un intercambio nuclear entre el Alto Concilio Humano y Apocalipsis. La mayoría de los personajes fueron presuntamente asesinados a causa de la destrucción nuclear de las bombas, aunque el paradero de los sobrevivientes permanece sin aclarar. Se asume que fueron borrados de la existencia. Algunos personajes de la E. de A. hacia la continuidad de Tierra-616. Estos incluyen a Nate Grey (la versión de Cable de esta realidad), Holocausto (Uno de los jinetes de Apocalipsis), la Bestia Oscura y el Hombre de Azúcar. Nate Grey se alía con los X-Men unas cuantas veces, pero después “muere” al diseminarse a todas las formas de vida en el universo. Holocausto permanece largo tiempo en el Universo Marvel principal hasta que se une a los Exiliados y es asesinado por otra versión malvada del universo de Hyperion. El Hombre de Azúcar aparentemente muere a manos del Callisto, pero ha sido revelado recientemente que está vivo aún. Bestia Oscura y el Hombre de Azúcar son enviados 20 años al pasado de la Tierra-616. Esto permite, para una retroactividad continua, explicar que la Bestia Oscura ha “metido mano” en la creación de los Morlocks. También explica porqué Mr. Siniestro inició la Masacre Mutante: él identificó su obra robada, y ordenó exterminarla como una degradación de su arte o como un potencial rival para ella. Lo que es más, el Hombre de Azúcar le dio tecnología genética secreta al Ingeniero de Genes de Genosha, permitiendo a esta pequeña nación volverse poderosa esclavizando mutantes. Destello escapa al multi-universo mismo: ella se une y lidera al equipo viajero en las realidades alternas de héroes conocidos como Los Exiliados. Su contra parte en la Tierra-616 ha estado muerta desde el historia de la Reunión de Falange. Dientes de Sable igual sobrevive de la misma forma que Destello. Durante una misión, él opta por quedarse atrás en un mundo para entrenar a David Richards. Eventualmente, él es traído de vuelta a la acción y se une a Los Exiliados. Ellos han estado visitando desde entonces la post historia de la Era de Apocalipsis.